Program untuk santri yang berminat untuk menghafal al-qur'an. Program ini bekerjasama dengan Jam'iyyatul Qurro' wal Huffadz cabang kota Kraksaan.

Program D1 bidang Teknologi Informasi dan Komunikasi (PRODISTIK) adalah kerjasama MA Zainul Hasan 1 Genggong dengan ITS Surabaya dalam bidang teknologi informasi dan komunikasi.

Program Tahqiqu Qiroatil Kutub adalah kelas unggulan untuk santri yang ingin mendalami khazanah ilmu keislaman, kajian kitab kuning, dan bahasa Arab. Program ini bekerja sama dengan Fakultas Humaniora Jurusan Bahasa dan Sastra Arab UIN Maulana Malik Ibrahim Malang.